Les AAPPMA sont des associations dont les conseil d'administration est élu lors d'une assemblée générale extraordinaire, dite élective. Les administrateurs sont élus pour une durée de 5ans. Cette durée correspond à la durée des baux de pêche qui sont accordés par l'état. Un conseil d'administration doit comprendre a minimum 7 membres et au maximum 15 membres. Au sein des conseils d'administrations sont élus les bureaux des associations qui doivent comprendre au minimum, un président, un trésorier, un secrétaire et un vice-président. Les nouvelles instances prennent leurs fonction au 1er janvier de l'année de renouvellement des baux de pêche.
Les élections des conseils d'administration se font à bulletins secret et seuls peuvent voter les membres présents. Par contre il est possible d'être candidat sans être présent à l'assemblée générale. Il n'y a pas de corrum nécessaire pour valider la tenue de cette assemblée. Pour être candidats il faut être membre de l'AAPPMA depuis au moins les deux années précédentes.
Les élection des bureaux peuvent se dérouler dans la foulée de l'élection des conseilles d'administration mais peuvent aussi être décalés dans le temps.